Un peu d'histoire:
Au XII ème siècle, Borahigny, pêchant au large de Mananara, fût entraîné par une grosse prise et sa pirogue chavira. Un gros poisson lui proposa de monter sur son dos, mit le cap au sud et le déposa sur une plage. Le poisson avait faim, il demanda à Borahigny de lui apporter des bénitiers. Pour le remercier, le poisson demanda à Borahigny de creuser le sable à l'endroit où il se trouvait. Une source jaillit et l'homme put se désaltérer. Ils se quittèrent et Borahigny fit connaissance dans un village de trois grand-mères qui lui présentèrent leurs enfants et petits-enfants. Au fil des années, sa descendance peupla l'île et les pirates la surnommèrent " Nossi-Bourahe ", l'île de Borahigny, d'où le nom de Nosy Boraha, pratiquement plus utilisé de nos jours. Il existe plusieurs nuances à cette légende.
Vers 1506, des navigateurs portugais découvrirent l'île et lui donnèrent le nom du saint du jour de la découverte comme il était d'usage, Santa Maria.
Au XVIII ème siècle, les pirates s'installèrent sur l'île, d'où ils pouvaient opérer sur les navires venant des Indes et se mettre à l'abri dans leur repaire de l'Ile aux Forbans.